Допустим имеем иерархический справочник "Подразделения" с неизвестным (неограниченным) уровнем вложенности:

Подр1

Подр11

Подр12

Подр121

Подр122

Подр13

...

ПодрN

И требуется получить таблицу следующей структуры:

Подразделение	Уровень  0	Уровень  1	Уровень  2	...	Уровень Макс-1	Уровень Макс
Подр1	Подр1
Подр11	Подр1	Подр11
Подр12	Подр1	Подр12
Подр121	Подр1	Подр12	Подр121
Подр122	Подр1	Подр12	Подр122
...
ПодрN	ПодрN

Пример:

Предлагаю следующий вариант решения:

// Определим максимальный уровень иерархии справочника
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ
    |   Подразделения.Ссылка
    |ИЗ
    |   Справочник.Подразделения КАК Подразделения";
Результат = Запрос.Выполнить();
ВыборкаДетальныеЗаписи = Результат.Выбрать();
МаксУровень = 0;
Пока ВыборкаДетальныеЗаписи.Следующий() Цикл
    МаксУровень = Макс(ВыборкаДетальныеЗаписи.Ссылка.Уровень(), МаксУровень);
КонецЦикла;

// Соберем текст запроса для получения следующей структуры полей выборки:
//      Подразделение, Уровень0, Уровень1, ..., УровеньN-1, УровеньN.
// где N - максимальный уровень иерархии.

// Начало текста запроса
Запрос.Текст =
    "ВЫБРАТЬ
    |   *
    |ИЗ
    |   (";
// Нулевой уровень иерархии
ТекущийУровень = 0;
Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
    |ВЫБРАТЬ
    |   Подразделения.Ссылка КАК Подразделение
    |   , Подразделения.Ссылка КАК Уровень0";
Для Сч=1 По МаксУровень Цикл
    Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
        |   , ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Подразделения.ПустаяСсылка) КАК Уровень"+Сч;
КонецЦикла;
Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
    |ИЗ
    |   Справочник.Подразделения КАК Подразделения
    |ГДЕ
    |   Подразделения.Родитель = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Подразделения.ПустаяСсылка)";
// Последующие уровни иерархии.
Для ТекущийУровень = 1 По МаксУровень Цикл
    Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
        |
        |ОБЪЕДИНИТЬ ВСЕ
        |
        |ВЫБРАТЬ
        |   Подразделения.Ссылка КАК Подразделение";
    Для Сч1=0 По ТекущийУровень-1 Цикл
        Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
        |   , Подразделения";
        Для Сч2=1 по ТекущийУровень-Сч1 Цикл
            Запрос.Текст = Запрос.Текст + ".Родитель";
        КонецЦикла;
        Запрос.Текст = Запрос.Текст + " КАК Уровень"+Сч1;
    КонецЦикла;
    Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
        |   , Подразделения.Ссылка КАК Уровень"+ТекущийУровень;
    Для Сч=ТекущийУровень+1 По МаксУровень Цикл
        Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
            |   , ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Подразделения.ПустаяСсылка) КАК Уровень"+Сч;
    КонецЦикла;
    Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
        |ИЗ
        |   Справочник.Подразделения КАК Подразделения
        |ГДЕ
        |   Подразделения.Родитель";
    Для Сч2=1 по ТекущийУровень Цикл
        Запрос.Текст = Запрос.Текст + ".Родитель";
    КонецЦикла;
    Запрос.Текст = Запрос.Текст + " = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.Подразделения.ПустаяСсылка)";
КонецЦикла;
// Финиш текста запроса
Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
    |   ) КАК Структура
    |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    |   Структура.Уровень0.Наименование";
Для Сч=1 По МаксУровень Цикл
    Запрос.Текст = Запрос.Текст + "
        |   , Структура.Уровень"+Сч+".Наименование";
КонецЦикла;

Результат = Запрос.Выполнить();
ВыборкаДетальныеЗаписи = Результат.Выбрать();

Пока ВыборкаДетальныеЗаписи.Следующий() Цикл
    // Обход выборки.
КонецЦикла;

У данного решения есть минусы, которые я пока не смог обойти:

1. Первоначально надо получить максимальный уровень иерархии справочника, а сделать это запросом я не смог. Пришлось предварительно перебирать все элементы и проверять их уровень.

2. При большом максимальном уровне вложенности может быть будут проблемы с запросом (в местах, где множится "...Родитель.Родитель.Родитель..."). Я тестировал на 20 уровне вложенности.